A hüvely enyhén savas környezete segít fenntartani az öntisztító funkciót{0}}
A nyugati orvoslás úgy véli, hogy a hüvelyi környezet gyakran instabil a gazdaszervezet anyagcseretermékei, bakteriális termékei és külső tényezők (szexuális érintkezés, öblítés és egyéb zavarok) miatt. A hüvelyflóra nagyon összetett, nemcsak protozoonokat és gombákat tartalmaz, hanem számos aerob és anaerob baktériumot is. Ezek a mikroorganizmusok kommenzális és patológiás típusokra oszthatók, amelyek mindegyike közös környezetben nő, és antagonista kölcsönhatások léphetnek fel közöttük. A növekedésüket befolyásoló másik tényező a hidrogénion-koncentráció. A 3,8–4,2 pH-érték elősegíti a kommenzális baktériumok, különösen a laktobacillusok szaporodását, amelyek az egészséges hüvelyben a domináns baktériumok, amelyek a hüvelyfolyadékban 10⁵–108 ml sűrűséget érnek el. Ha a hüvelyt mikroorganizmusok fertőzik meg, ha a laktobacillusok dominálnak, és a pH-t 3,8–4,2 értéken tartják, az nem okoz betegséget. Ezenkívül a laktobacillusok H2O2-t termelhetnek, amely toxikus hatással van más mikroorganizmusokra, és gátolja azok szaporodását. Más baktériumok, mint például a Streptococcus lactis, az Enterobacter, a Proteus, a Gaffkirti és a Veillonella gyakran megtalálhatók a hüvely alsó részén, és általában nem okoznak tüneteket. A hüvelyflóra fenntartja az egyensúlyt, megakadályozva, hogy a kóros baktériumok kifejtsék hatásukat. Ha ez az egyensúly megbomlik, a kölcsönös visszatartás megszűnik, ami a hidrogénion-koncentráció csökkenéséhez vezet. A laktobacillusok elvesztik dominanciájukat, lehetővé téve a kóros baktériumok elszaporodását és tüneteket okozva.
Különféle kórokozó baktériumok válnak kórokozóvá, miután gyengén savas környezetben megzavarják őket. A bakteriális vaginózist a hüvelyi laktobacillusok számának csökkenése és más baktériumok, elsősorban a Gardnerella vaginalis, a különféle anaerob baktériumok és a mikoplazma elszaporodása okozza, ami vegyes fertőzéseket eredményez. A trichomoniasis okozója a Trichomonas vaginalis, egy nemi úton terjedő fertőző betegség. Az átviteli útvonalak közé tartozik a közvetlen átvitel (szexuális kapcsolaton keresztül; a trichomoniasisban szenvedő partnerek spermájának 75%-a tartalmazhat Trichomonas vaginalis-t) és a közvetett átvitel (különféle fürdőeszközökön, uszodákon, nyilvános WC-ken vagy szennyezett ruházaton és eszközökön keresztül). Az általános felmérések szerint a Trichomonas vaginalis kimutatási aránya 3,56%, néhány olyan nőt, akinél nem jelentkeznek gyulladásos tünetek, hordozóknak nevezik. A candida hüvelygyulladást elsősorban a Candida albicans okozza. Ez a gomba általában kis mennyiségben is megtalálható normál, egészséges hüvelyben, de általában nem okoz betegséget. Elszaporodik és betegséget okoz, ha a szervezet immunműködése legyengül, vagy ha a hüvelyflóra felborul. Ezért gyakoribb a terhes nőknél, a cukorbeteg nőknél, az immunszuppresszánsokat szedőknél és azoknál, akik tartósan{10}}szednek antibiotikumot. Meleg, nedves környezetben is nagyobb valószínűséggel okoz fertőzést. A statisztikák azt mutatják, hogy a nem-terhes nők körülbelül 10%-a és a terhes nők egyharmada{15}}fertőzött ezzel a betegséggel, de kevesen fordulnak orvoshoz nyilvánvaló tünetek miatt. A nem-Candida albicans (például *Candida glabrata*) által okozott hüvelygyulladás előfordulása az 1988-as 9,9%-ról 1995-ben 17,2%-ra nőtt. A HIV-fertőzött nők kétszer nagyobb valószínűséggel fertőződnek meg a nem-Candida albicans-szal, mint az újonnan fertőzöttek; a visszatérő candida hüvelygyulladásban szenvedő nők 2,47-szer nagyobb valószínűséggel fertőződnek meg nem-Candida albicans-szal, mint a Candida albicans-szal.